人体消化系统的基本生理功能是摄取、转运、消化食物和吸收营养、排泄废物，为提供机体所需的物质和能量。而干细胞可以分化出消化系统的各种功能细胞，如胃肠道、肝脏的各种功能细胞，用于治疗消化系统疾病。
干细胞治疗肝硬化与肝衰竭
肝脏位于人体腹腔内，成人肝脏平均重达1.5公斤。肝脏是人体里最大的实质性器官，是人体新陈代谢最重要的器官，是人体消化系统中最大的消化腺，可谓最“累”的器官。
肝脏很忙
①肝脏每天分泌胆汁，帮助消化人体每天吃的食物。
②肝脏参加碳水化合物、蛋白质和脂肪的代谢，调节血糖平衡、重组蛋白质形成人体需要的各种蛋白质、将有害的氨转变成尿素排出、维持体内脂质的平衡、参与维生素和激素的代谢。
③肝脏能产生各种凝血因子，帮助凝血。
④人体代谢产生的毒物和外来的毒物，大多在肝脏内通过分解、氧化和结合等方式来解毒。
⑤肝脏还可以通过单核-吞噬细胞系统将细菌、色素和其他碎屑从血液中出去。
⑥肝脏还能造血和调节血液循环。
常见的肝脏疾病：
病毒性肝炎
由甲、乙、丙、丁、戊型等多种不同肝炎病毒引起的一组以肝脏损害为主的传染病，主要特点是肝细胞变性、坏死、炎症反应，肝炎患者常常有恶心、呕吐、厌油、乏力、食欲减退、肝肿大、肝功能异常的表现，部分可有黄疸的表现，甚至还可表现为慢性肝炎或肝衰竭。
肝囊肿
先天发育异常、肝脏外伤后的血肿或组织坏死液化、胆管发炎或梗阻胆汁淤积等形成非寄生虫性肝囊肿，相应的人会有腹痛、发热、黄疸等症状。接触携带寄生虫的动物或直接食入携带寄生虫虫卵的食物后，虫卵在人体肠道里孵化成幼虫，进入血液停留在肝脏里生长发育，在肝脏内形成包虫生活的一个“窝”，这个“窝”就叫寄生虫性肝囊肿。人可能会有过敏反应发热、腹痛、腹胀、腹部包块、肝大、黄疸、腹水等。
肝脓肿
肝脏内管道系统非常丰富，大大增加了微生物寄生、感染的机率，细菌、真菌或阿米巴原虫等多种微生物引起肝脏化脓，形成肝脓肿，人体表现症状有高热、寒战、肝区疼痛、乏力、食欲不振、恶心和呕吐等消化道不适。
肝血管瘤
肝血管畸形导致的肝血管瘤。小血管瘤生长较缓慢，巨大肝血管瘤一旦发生破裂其病死率可高达 60%，但没有外力作用的情况下自发破裂的血管瘤极其罕见。多数肝血管瘤患者没有明显的临床症状，多是因为体检、其他原因检查腹部时发现的。
肝癌
发生于肝脏的恶性肿瘤成为肝癌，人们日常说的肝癌指的多是原发性肝癌，原发性肝癌是严重危害人类生命健康的重大疾病之一。肝癌常见右上腹间歇性或持续性隐痛、钝痛或胀痛是肝癌最常见的表现，同时有发热、食欲减退，饭后上腹饱胀，消化不良，恶心、呕吐和腹泻，消瘦、乏力、全身衰弱等表现。肝癌可引起危机生命的并发症：上消化道出血、肝病性肾病和肝性脑病、肝癌结节破裂出血、激发各种感染。
对于慢性乙型肝炎后肝硬化失代偿期或慢性肝衰竭等终末期肝病患者，最有效的治疗手段是肝移植。
但由于供肝短缺，费用昂贵，无法满足众多肝衰竭患者的治疗需求，这就要求肝脏病学界探索其他可行的替代治疗手段。
而干细胞在肝硬化、肝衰竭等疾病中显示了潜在的疗效。干细胞治疗肝脏疾病的机制包括转分化为肝细胞样细胞、促进肝再生、免疫调节及抑制肝纤维化。
干细胞治疗炎症性肠病
炎症性肠病的主要分为克罗恩病和溃疡性结肠炎两类。除此之外，还有一些结肠病变，无法归入这两类，称为未定型结肠炎，一般较为少见。克罗恩病和溃疡性结肠炎的主要区别在于炎症发生的位置和炎症本身的不同。克罗恩病可影响到消化系统的任何部分，从口腔至肛门都有可能发生跳跃性病变，多发于回肠末端。
而溃疡性结肠炎发病仅限于结肠和直肠部分。微观上，溃疡性结肠炎发病仅限于黏膜(肠的上皮组织)，而克罗恩病影响到整个肠内壁。另外，克罗恩病和溃疡性结肠炎在肠道之外也有不同比例的表现，如肝脏的炎症，关节炎，皮肤的异常表现和眼部的炎症。
干细胞用于治疗炎症性肠病的分子机制主要包括迁移归巢、免疫调节及损伤组织修复。研究表明，干细胞可以明显降低促炎因子水平、改善肠道组织病理。
干细胞治疗胰腺炎
急性胰腺炎是临床常见的急腹症之一。在其病理生理过程中,过度激活的白细胞及瀑布样反应的炎性因子释放加速了病情的恶化。增加了治疗的难度.其中10%-20%的患者可发展为重症急性胰腺炎（SAP），SAP病情凶险,临床病死率高。
近年的研究显示干细胞在胰腺组织修复中有重要价值，其自我更新、多向分化潜能、独特的低免疫原性和免疫调节及促进新生血管形成等作用可能为重症急性胰腺炎提供一种全新的治疗方法。
可以显著改善胰腺组织病理、降低血清淀粉酶和脂肪酶水平、降低血清促炎因子水平、升高血清抗炎因子水平。慢性胰腺炎是由于各种不同病因引起的胰腺组织和功能持续性损害，最终导致胰腺内外分泌功能永久性丧失。
干细胞不仅可以抑制促炎因子，还通过抑制胰腺星状细胞激活、促进其凋亡来减轻胰腺纤维化。
干细胞与消化系肿瘤
目前，手术仍是治疗消化系恶性肿瘤的唯一方法。虽然对于失去手术机会的肿瘤患者，有化疗、放疗或同步化放疗等治疗方式，但总体疗效仍不令人满意，且有一定不良反应。将抗肿瘤基因修饰间充质干细胞并利用其无免疫原性及归巢的特性，在肿瘤局部能发挥抗肿瘤作用。研究发现干细胞在体外及体内试验通过影响细胞周期抑制胰腺肿瘤细胞增殖及诱导细胞凋亡。
目前干细胞在消化系统的研究与应用主要集中在肝硬化、肝衰竭、急慢性胰腺炎、炎症性肠病及消化系肿瘤等领域。干细胞用于人类疾病的治疗是一个全新且十分有价值的领域，尤其对于消化系统疾病，具有广阔的应用前景。